لم يكن اتساع ساحة العمل،وتنوع مجالاته،والتطوير السريع فى وسائله واساليبه ، هى التحديات الوحيدة التى واجهها المجلس عند انشائه-بل واجه المجلس كذلك بعض العوائق الاخرى- كان اخطرها العدوان الغاشم على الكويت ،الذى ترك اثاره السلبية على العمل الاسلامى العام ، وعلى العلاقات بين الحكومات والشعوب العربية ، التى هى وعاء العمل ومناخ الاداء،خاصة وان هذه الاحداث وقعت فى السنوات الاولى لتاسيس المجلس ، مما دفع المجلس الى الحد الكبير لنشاطه ، والحساب الدقيق لكل عمل يؤديه ، او خطوة يخطوها .وقد قامت فلسفة المجلس منذ تاسيسه على الحياد الايجابى ازاء الخلافات ، ،وعدم الانزلاق الى الخلافات السياسية ، والحفاظ على كونه مظلة تضم هذا العدد الممتاز من المنظمات الاسلامية العالمية ، والمرفأ الذى تلجأ اليه المنظمات والهيئات عند تعكر الاجواء وتقلب الانواء. كما مثل غموض هدف التنسيق وصعوبة تحقيقه بين منظمات متباعدة عقبة اخرى- وكانت التحديات التى واجهة المجلس فى سنواته الاولى اكبر من قدراته ، حيث تصاعدت الحملة العدائية…

أصدر المؤتمر قرارا بضرورة تشكيل مجلس تنسيقي، يضم المنظمات والمؤسسات التى تعمل فى مجال الدعوة والاغاثة، والتي يمتد نشاطها خارج حدود دولة المقر-وقد حدد القرار اختصاصات المجلس المقترح فى التخطيط والتنسيق والتعاون والمتابعة، وان يتكون فى ثلاث ادارات فرعية متخصصة هى:ادارة الاغاثة -ادارة اعداد وتدريب الدعاة -ادارة التمويلعلى ان يتولى الازهر الشريف بالتعاون مع رابطة العالم الاسلامى بمكة المكرمة، والهيئة الخيرية الاسلامية العالمية بالكويت، الدعوة لاجتماع تأسيسى لصياغة النظام الاساسى واللوائح لهذا المجلس وفروعه.وهكذا عقد المجلس الاسلامى العالمى للدعوة والاغاثة اول اجتماع تاسيسى له ،حيث صدر القرار بالنظام الاساسى فى 22 سبتمبر1988 الذى تضمن تحديد المقر الرئيس للمجلس بالقاهرة،وحدد اهداف المجلس –كما حدد الاعضاء المؤسسين الذين بلغ عددهم بضعا وعشرين عضوا مؤسسا-كما حدد النظام الاساسى هيئات المجلس ، ونظام انعقاد الجلسات، والهيكل الادارى ، وما الى ذلك من الشئون التنظيميه والماليه –وقد تضمن تشكيل المجلس انشاء خمس لجان متخصصة ، تتولى اعداد المشروعات المشتركة وطرحها لاقرارها وتنفيذها من خلال هيئات…