أصدر المؤتمر قرارا بضرورة تشكيل مجلس تنسيقي، يضم المنظمات والمؤسسات التى تعمل فى مجال الدعوة والاغاثة، والتي يمتد نشاطها خارج حدود دولة المقر-وقد حدد القرار اختصاصات المجلس المقترح فى التخطيط والتنسيق والتعاون والمتابعة، وان يتكون فى ثلاث ادارات فرعية متخصصة هى:
ادارة الاغاثة -ادارة اعداد وتدريب الدعاة -ادارة التمويل
على ان يتولى الازهر الشريف بالتعاون مع رابطة العالم الاسلامى بمكة المكرمة، والهيئة الخيرية الاسلامية العالمية بالكويت، الدعوة لاجتماع تأسيسى لصياغة النظام الاساسى واللوائح لهذا المجلس وفروعه.
وهكذا عقد المجلس الاسلامى العالمى للدعوة والاغاثة اول اجتماع تاسيسى له ،حيث صدر القرار بالنظام الاساسى فى 22 سبتمبر1988 الذى تضمن تحديد المقر الرئيس للمجلس بالقاهرة،وحدد اهداف المجلس –كما حدد الاعضاء المؤسسين الذين بلغ عددهم بضعا وعشرين عضوا مؤسسا-كما حدد النظام الاساسى هيئات المجلس ، ونظام انعقاد الجلسات، والهيكل الادارى ، وما الى ذلك من الشئون التنظيميه والماليه –وقد تضمن تشكيل المجلس انشاء خمس لجان متخصصة ، تتولى اعداد المشروعات المشتركة وطرحها لاقرارها وتنفيذها من خلال هيئات المجلس (هيئة الرئاسة والهيئة التاسيسية) هى :
- لجنة التعليم والدعوة ،ومقرها الازهر الشريف بالقاهرة
- ولجنة الاغاثة العامة ،ومقرها هيئة الاغاثة الاسلامية العالمية بجدة
- ولجنة التمويل والاستثمار ، ومقرها الهيئة الخيرية الاسلامية العالمية بالكويت
- ولجنة المعلومات والمتابعة ، ومقرها رابطة العالم الاسلامى بمكة المكرمة
- ولجنة النشر والاعلام، ومقرها مؤتمر العالم الاسلامى بكراتشى
ومع الممارسة ، لحق النظام الاساسى عدد من التعديلات، منها تحديد رئاسة المجلس فى شيخ الازهر بصفة دائمة ، وفتح باب التجديد للامين العام لعدة مرات ،حيث كان النظام الاساسى ينص بالتجديد للامين العام لمرة واحدة فقط0
كذلك ارتفعت عضوية المجلس حتى بلغت الان عام 2005 ستة وثمانين عضوا ،اضافة الى عدد من طلبات الانضمام لعضوية المجلس –كذلك ارتفع عدد اللجان المتخصصة من خمس لجان الى 14 لجنة تختص كل منها في احد اوجه النشاطات المتعددة للمجلس وهى- ،اضافة الى اللجان السابقة :
- لجنة الشباب ، ومقرها الندوة العالمية للشباب الاسلامى بالرياض
- ولجنة الاقليات الاسلامية ، ومقرها المجلس الاسلامى فى لندن
- واللجنة الاسلامية العالمية للمراة والطفل ، ومقرها القاهرة
- واللجنة الاسلامية العالمية لحقوق الانسان ،ومقرها الهيئة الخيرية الاسلامية العالمية بالكويت
- والمنتدى الاسلامى للحوار ، ومقره مؤتمر العالم الاسلامى فى كراتشى
- ولجنة افريقيا ، ومقرها منظمة الدعوة الاسلامية بالخرطوم
- ولجنة القدس وفلسطين ، ومقرها المؤتمر العام لبيت المقدس فى عمان –الاردن
- ولجنه الفكر والتاصيل ومقرها الخرطوم بصفة مؤقتة
وتمثل اللجان المتخصصة العمود الفقرى فى تنظيم انشطة المجلس وتنفيذها ، لما تتصف به من التخصص والخبرة ، وقدرتها على دراسة المشروعات المشتركة والموافقة عليها ،والتنسيق والتعاون فى استمرارها وتكامل خدماتها وعرضها على هيئات المجلس لاقرارها والحث على المساهمة فيها0
كذلك تحقق لادارة المجلس ، بمساعدة صادقة من فضيلة الامام الراحل الشيخ/جاد الحق على جاد الحق الحصول على قطعة ارض تبرعا من الحكومة المصرية لاقامة مقر المجلس بالقاهرة ، تبلغ قيمتها حاليا اكثر من مليون ونصف مليون جنيها مصريا ، تم اقامة مقر الامانة العامة عليها بتبرع كريم من سمو الامير/محمد الفيصل آل سعود 0
كما تم اقامة عمارة وقفية تبرعا من الشركة السعودية للاقتصاد والتنمية المحدودة ( سدكو) تبرعا من ورثة المرحوم الشيخ/سالم احمد بن محفوظ ، اضافة الى بعض التبرعات الاخرى من الشيخ/صالح عبد الله كامل ،الشيخ/ عبد العزيز سعود البابطين ، ومن خلال الوديعة الخيرية التى تم انشاؤها بلجنة التمويل والاستثمار – برئاسة معالى الشيخ/يوسف جاسم الحجى – رئيس الهيئة الخيرية الاسلامية العالمية بالكويت، وتضم العمارة الوقفية ، مقار عدد من المنظمات الاعضاء بالقاهرة (مجمع المنظمات) وقد تم اقامة مسجد ومكتبة عامة وصالات للتعليم والتدريب فى مبنى واحد متكامل تبرعا من مؤسسة الحرمين الخيرية .