توقعت الامانة العامة –منذ السنوات الاولى – ضرورة تنوع اساليب التنسيق ووسائله ،وذلك للتغلب على البعد الجغرافى ،واختلاف المجالات والحالات ، ولمواجهة التحديات والمتغيرات ،واستشعرت بذلك جسامة المسئولية ،وتزايد أعبائها ،خاصة مع تطور العمل واتساع ساحاته ومجالاته – فقدمت فى عام 1995 تصورا شاملا لمنهج التنسيق اقرته هيئات المجلس فى حينه،اوضحت الامانة العامة فيه ، أهمية التنسيق كأسلوب وأطار للعمل الاسلامى الخيرى الموحد ، من اجل تحقيق الاهداف والغايات، وحددت فيه تقسيمات المجلس الجغرافية والادارية ومسئوليات كل طرف – حتى تتضح ملامح الخطة فى المجالات المختلفة ،وحتى يدرك كل طرف مشارك فيها واجبه ، والعمل على القيام به جهد طاقته.
ونبهت على انه من الضرورى ان تدعم المنظمات القوية المنظمات ذات القدرات الاقل ، وان تسهم فى تطويرها ،وان تحمل عنها بعض اعبائها ، خصوصا حيبن تبرز امامها عقبات وعوائق تحول دون اتساع نشاطها – حتى تجتاز الصعاب ، وليكون ذلك وسيلة لتكاتف أعضاء المجلس ، وسبيلا لترابطها وتماسكها .
وشددت على انه ما لم يتحقق ذلك ، فان فكرة التنسيق ، بل فكرة المجلس كلها ، وما يؤمل منها – تصبح مجرد أحاديث ،وقد تتعرض مع الوقت للنكسات واليأس ، وفقدان الامل .
واوضح (منهج التنسيق ) ان لكل مؤسسة ، بل لكل فرد دوره فى هذه المسئولية الكبيرة ، والعمل المتسع ، التى هى أشبه بالجسم الواحد الذى تضعف قدرته ،وتخبو طاقته اذا تعطل عضو من أعضائه 0
وقد حدد " منهج التنسيق " المبادىء العامة للتنسيق – كما اوضح دور هيئة رئاسة المجلس ودور كل لجنة من لجان المجلس المتخصصة ، ودور الامانة العامة .
صحيح ان منهج التنسيق – حدد مهام اللجان التى كانت قد شكلت عام 1995 – لكنه – مع هذا – وضع اسس المسئولية لجميع اللجان التى انشئت بعد هذا التاريخ ، وقد وصل عددها الى 14 لجنة متخصصة – ويظل منهج التنسيق المرجع الاساسى للتعرف على المسئوليات والواجبات .