لم يكن اتساع ساحة العمل،وتنوع مجالاته،والتطوير السريع فى وسائله واساليبه ، هى التحديات الوحيدة التى واجهها المجلس عند انشائه-بل واجه المجلس كذلك بعض العوائق الاخرى- كان اخطرها العدوان الغاشم على الكويت ،الذى ترك اثاره السلبية على العمل الاسلامى العام ، وعلى العلاقات بين الحكومات والشعوب العربية ، التى هى وعاء العمل ومناخ الاداء،خاصة وان هذه الاحداث وقعت فى السنوات الاولى لتاسيس المجلس ، مما دفع المجلس الى الحد الكبير لنشاطه ، والحساب الدقيق لكل عمل يؤديه ، او خطوة يخطوها .
وقد قامت فلسفة المجلس منذ تاسيسه على الحياد الايجابى ازاء الخلافات ، ،وعدم الانزلاق الى الخلافات السياسية ، والحفاظ على كونه مظلة تضم هذا العدد الممتاز من المنظمات الاسلامية العالمية ، والمرفأ الذى تلجأ اليه المنظمات والهيئات عند تعكر الاجواء وتقلب الانواء.

كما مثل غموض هدف التنسيق وصعوبة تحقيقه بين منظمات متباعدة عقبة اخرى- وكانت التحديات التى واجهة المجلس فى سنواته الاولى اكبر من قدراته ، حيث تصاعدت الحملة العدائية ضد الاسلام والمسلين فى بداية عقد التسعينات (فترة تاسيس المجلس) بعد سقوط الاتحاد السوفيتى واعتماد الاسلام( العدو الاخضر ) عدوا مشتركا للحضارة الغربية،وحيث ساهمت الصهيونية،واجهزتها الاعلامية الدولية فى تصاعد الحملة المعادية للاسلام والمسلمين ،ولسوف نفرد لهذه الحملة الغاشمة جانبا خاصا فى نهاية هذا الفصل لتوضيح أسبابها وأبعادها وضحاياها والوسائل المقترحة لمواجهتها0
ومع كل هذه العقبات والتحديات،التى يقع معظمها فوق طاقات المجلس،وخارج سيطرته،فقد امكن تحقيق عدد من صور التنسيق فى مجالات وميادين واعمال مختلفة 0