المسجد قديم العهد أثري البنيان، وبحسب الأسطورة الافغانية هو مرقد علي بن أبي طالب، وهناك دراسات أكاديمية تذكر انه لولده عمر بن علي بن أبي طالب، ولقد قررت سلالة السلاجقة متمثلة بالسلطان أحمد سنجر إعادة بناء المسجد الأزرق لأول مرة في نفس موقعه، ثم تم تدمير المسجد على يد الغازي جنكيز خان في غزوه للمنطقة في حوالي عام 1220م، وقد أعيد بناؤه في القرن الخامس عشر من قبل السلطان حسين ميرزا بيغراه.

البناء:- وضعت خطة لاعادة بناء الموقع محرزة في عام 1910، وقد تبين أنه كان هناك في وقت سابق منطقة مسورة أصغر في المسجد الذي دمر وكان يحيط به الحدائق في ذلك الوقت، وعلى الرغم من أن البوابات لهذه المنطقة لا تزال بحاله جيدة وهي كبوابات الأضرحه، ثم أضيفت للمسجد مقابر ذات أبعاد متفاوتة لعدد من الزعماء السياسيين والدينيين الأفغان على مر السنين، الأمر الذي أدى إلى تطوير أبعاد جديدة للمسجد وللأضرحة، وتشمل هذه المقبرة مربع قبة الأمير دوست محمد ووزير أكبر خان والأمير شير علي وعائلته .